Documentairemaker Louis Theroux wil een film over Scientology maken. De Church of Scientology, de religieuze beweging die in 1954 werd opgericht door L. Ron Hubbard, is immers zowel controversieel als mysterieus.
In My Scientology Movie probeert Theroux een interview met leider David Miscavige te regelen, maar dat blijkt onmogelijk. Daarom besluit hij het anders te doen. Met informatie van voormalige Scientologen maakt hij een film waarin hij de hoofdpersonen door acteurs laat spelen. Zij nemen onder meer de rol van Miscavige en veelbesproken Scientology-lid Tom Cruise aan. Maar wanneer Theroux met zijn film bezig is, ontdekt hij dat dit de Scientology niet koud laat. Sterker nog, in antwoord op zijn documentaire maken ze juist een film over hém.
